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棉花种子发芽率与发芽势是在一定温度和湿度条件下测定的种子在一定时间内的发芽情况，可基本上反映出棉种在大田条件下的出苗情况。
棉种发芽试验一般采用沙床发芽法，发芽床采用标准发芽盒（２５厘米×１０厘米×８厘米），内装直径为０.０５～０.８０毫米的无菌建筑用沙。发芽时沙子与水的比例，毛子棉种为６∶１，光子棉种为８∶１。为准确测定不同种子的发芽情况，对不同成熟度和休眠状态的棉种应采取不同的发芽温度。成熟度好且度过休眠期的种子可在恒温３０℃±１℃的条件下进行；成熟度好但未通过休眠期的棉种，应先打破休眠（可采用晒种、变温处理、化学处理等方法），再在３０℃±１℃或２０～３０℃变温条件下进行发芽试验。成熟度差且已通过休眠期的棉种，可在２５℃±１℃的条件下进行；成熟度差且未通过休眠期的种子，应先打破休眠，再在２５℃±１℃或１８～２８℃的变温条件下进行发芽试验。采用变温时，通常应保持低温１６小时、高温８小时，３小时内逐渐变温。
发芽试验要求随机取种子５０粒，重复４次，将种子均匀地排在已备好的发芽床上，粒与粒之间保持一定的距离，以防相互感染，把种子平压入沙中，使棉种与沙面持平，上轻盖１０毫米同样湿度的细沙。
根据需要把光照培养箱温度调到合适温度，打开光照开关。将装置好的发芽盒水平放入培养箱内。种子发芽期间，要每天检查发芽试验的状况，以保持适宜的发芽条件。
一般不需要再给发芽盒内加水，温度应在所需温度±１℃的范围内调节，要有充足的光照条件。于发芽第４天和第１２天统计幼苗数。在计数过程中，发育良好的正常幼苗应从发芽床中拣出，对可疑的或损伤、畸形或不均衡的幼苗，可延到下次计数。严重腐烂的幼苗或发霉的种子应从发芽床中除去并计数。
计数时要正确区分正常幼苗和不正常幼苗，棉种发芽是指正常的幼苗，即两片子叶完全展开且有正常的初生根。
发芽试验结束后，要计算各重复的发芽势和发芽率。
其中发芽势（％）为４天内长成正常幼苗的种子数占供试种子数的百分比；发芽率（％）为１２天内长成正常幼苗的种子数占供试种子数的百分比。４次结果取平均值。如４次结果差异较大，则需重新试验。
