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一个好的棉花品种必须具有多种优良的性状。基因是控制棉花各种性状的物质基础，由基因控制的性状才是可遗传的性状。育种工作的实质，就是通过多种技术途径和方法，将尽可能多的优良基因集中在一起，可以简单地描述为“创造（发现）变异→选择（稳定）变异→鉴定评价”的过程。
在棉花新品种选育工作中，首先要制定明确合理的育种目标，也就是在一定的自然、栽培和经济条件下，要选育的品种应该具有的那些优良的特征特性，然后，有目的地去搜集、选择育种材料，确定有效的育种方法和技术路线。在制定育种目标时，应根据生产当中存在的主要问题和实际需要的迫切性，抓主要矛盾，攻克主要问题，因为任何一个优良品种都有局限性，而且，棉花许多经济性状之间是相互矛盾和相互制约的。
棉花育种的技术途径和方法比较多，根据创造变异的方法（或变异来源），可以分为系统育种、杂交育种（包括品种间杂交、远缘杂交、回交等）、诱变育种、杂种优势利用等。
其中，系统育种是指在现有推广种植的品种中，选择优良的变异个体（单株或单铃），通过鉴定评价，培育成新品种的过程与方法。系统育种所利用的变异来源主要有天然杂交、自然突变和剩余变异三个方面。杂交育种是选择适合的亲本，通过有性杂交，使控制亲本双方优良性状的基因在F１群体中结合为杂合型，在自交分离的后代群体中连续选择鉴定，选择符合育种目标的个体，培育纯合稳定且符合要求的理想品种的方法。杂交育种选择变异的来源是基因重组，也就是通过杂交，使双亲或多亲的优良性状得以重组、累加，或打破不利基因间的连锁，创造优良变异，增加选择机会，从而育成新品种。杂交育种是目前国内外最主要的棉花育种途径与方法。
