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棉子萌发经历吸涨、萌动和发芽三个既相对独立又相互交叉的阶段，胚根顶端伸出种皮（露白），随即种子萌发。
种子萌发需要具备内在和外在的两个基本条件。内在条件就是种子本身要结构完整，有生活力。外在的基本条件就是要有充足的水分、氧气和合适的温度。无论是内在因素还是外在因素的改变，都会影响到种子的萌发成苗。
（１）水分：种子萌发经历的第一个阶段就是吸涨，因而水分是种子萌发最基本的条件，是启动因子。吸涨阶段所需要的水分，采用浸种处理时主要来自播种前的水浸处理，不足部分来自土壤；干子直接播种时，完全来自土壤。棉花种子萌发需水量较多，远远高于禾谷类作物。棉子外有坚硬的种壳，吸水速度慢，需要的时间也比禾谷类作物长。
（２）温度：棉子萌发需要的第二个基本条件就是温度。
因为只有在一定的温度条件下，种子内的一系列代谢活动才能进行，种子才会萌发。种子萌发对温度的要求既严格，又多样。种子萌动对温度的反应有三个基点，即最低临界温度、最高临界温度和最适温度。在恒温条件下，种子萌发的最低临界温度为１０.５～１２℃，最高临界温度为４０～４５℃。在临界温度范围之内，温度越高，发芽越快；在临界温度范围之外，即使其他萌发条件具备，种子也不能萌发。
种子萌发的最适温度为２８～３０℃。
（３）氧气：氧气是棉子萌发的第三个基本条件，原因在这三个基本因素而间接发生作用的。如脱短绒的处理，则提高了种皮的通透性，种子吸水快，萌发出苗需要的时间短。整地、造墒、调节播期和地膜覆盖等措施也都是为了调节土壤中的水分、温度和氧气。
